La misión del CES Don Bosco está orientada por opciones fundamentales que configuran su acción educativa salesiana. Estas son:

• Promover la formación integral del joven y de la joven, considerándolos como los verdaderos sujetos de su propia formación y situándolos en el centro de la acción universitaria.
• Potenciar la conciencia ética fundamentada en los valores que promueven la justicia y la cultura de la solidaridad, mediante un modelo de desarrollo sostenible.
• Promover un diálogo fecundo entre culturas y religiones diversas, que ayude a la formación de sólidas convicciones capaces de orientar el proyecto personal de vida al servicio de los demás.
• Favorecer el acceso a la Universidad de jóvenes procedentes de ambientes populares y del mundo del trabajo.
• Orientar la investigación, la docencia, el estudio y los servicios culturales para lograr un mejor conocimiento de la condición juvenil, especialmente de los sectores más desfavorecidos, para contribuir a la transformación positiva de la sociedad.
• Estimular el compromiso por los derechos humanos, especialmente la justicia y la paz, para hacer una sociedad más solidaria y humana.
• Impulsar propuestas formativas que incidan en los procesos educativos y en las estrategias y políticas juveniles.
• Favorecer la personalización de los valores, a través del testimonio de los miembros de la Comunidad Universitaria.